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包括《神农本草经》在内的一些中医古籍中有关灵芝的论述均存在一些错误观点，一些著名的古代学者对此加以评论和批判。如苏敬针对《名医别录》中“赤芝生霍山，黑芝生衡山，青芝生泰山，白芝生华山，黄芝生嵩山”的论点，提出“以五色生于五岳。诸方所献白芝，未必华山，黑芝又非常岳”，实际上是针对按五行学说，以“五色”配“五岳”，划分灵芝的产地持不同意见。这与现代研究结果一致，我国野生灵芝并非仅生长在五岳，可广泛分布在我国大部分地区。在《本草纲目》中，李时珍对按“五色”、“五行”区分灵芝的气味提出了不同见解，认为“五色之芝，配以五行之味，盖亦据理，未必其味便随五色也”。更为重要的是，李时珍在其著作中批判了古代对灵芝的迷信观点，指出“芝乃腐朽余气所生，正如入生瘤赘。而古今皆为瑞草，又云服食可仙，诚为迂谬”。根据现代研究结果来看，这些论点是完全正确的。此外，《本草纲目》中菜部芝类诸芝的附图则更为形象、准确。

现代学者探讨“六芝”的实质

古人所谓“芝类”常泛指菇类，并不一定都是灵芝。20世纪90年代，菌物学家赵继鼎等人采用现代真菌类生物分类系统对《神农本草经》中所述的“六芝”并非都是灵芝。

青芝：应与云芝相似，其盖面上生有环状排列的蓝色、深蓝色、黄褐色、褐色、白色及黑色等杂色绒毛，且有光泽，似羽毛状等形态，与葛洪《抱朴子》中描述“青者如翠羽。。。。。。”的特征相似，而云芝非灵芝属真菌。

赤芝：应为灵芝或松杉灵芝，它所具有的红色或紫色，带漆状光泽的菌盖，确有如珊瑚状的色彩，与《抱朴子》中形容其“赤者如珊瑚。。。。。。”接近。现已证明两者皆有药用价值。赤芝是《中华人民共和国药典（一部）》收载的中药品种。松杉灵芝是国家批准的可用作生产健康食品的真菌。

黄芝：根据《抱朴子》中描述“黄者如紫金”的特征，推测黄芝是硫磺菌（又称硫色干酪菌、硫色多孔菌），其盖面呈橙红色、橙黄色至黄色，干后为黄白色，幼嫩时可食。从硫磺菌中已分离出腺嘌呤、甜菜碱等多种生物碱，其药用价值尚待研究。

白芝：从《抱朴子》中描述其“白者如截肪”的特征看，可能是苦白蹄，又称药用层空菌，药用拟层孔菌。（也有人说是白边，学名桦剥管菌），其盖面呈白色至灰白色，菌肉灰白色，近肉质，后期呈酪质，味苦。中医用作健胃、发汗剂。

黑芝：《抱朴子》中描述其特征为“黑者如泽漆”，与其相对应的种类可能是假芝（又称乌芝），其盖面呈褐色、暗褐色、黑褐色至黑色；并有黑色长柄。黑芝亦可能是黑柄多孔菌，盖面初期近白色，渐变为茶褐色，有表面黑褐色至黑色的长柄。

紫芝：应是紫灵芝，其盖面呈紫褐色、紫黑色至近黑色，具漆样光泽。有药用价值，是《中华人民共和国药典（一部）》收载的中药品种。

中西医结合解读《神农本草经》

《神农本草经》是古代医药学家科学实践的基础上总结出来的，“神农氏尝百草，一日遇七十毒”的传说就是这一过程的真实写照。《神农本草经》中对灵芝药性和主治的论述也是在临床时间的基础上得出的。灵芝的中西医结合研究的目的之一，就是试图用现代科技方法去研究和阐明中医论述灵芝的实质，并进一步发扬光大。

目前，灵芝的中西医结合研究已有了许多成果，如药理研究证明，灵芝有强心作用、抗心肌缺血作用、改善心肌微循环作用及调节血脂作用等，并被用于治疗高脂血症和冠心病，这可能与灵芝（赤芝）“益心气”，主治“胸中结”的论述有关。

而《神农本草经》中关于灵芝“安神”、“安魂”、“增智慧，不忘”的论述恰与现代研究证明的灵芝有镇静作用、提高学习与记忆能力，可治疗神经衰弱、失眠和增强记忆力一致。灵芝的抗氧化清除自由基作用和抗衰老作用及其在中老年保健中的功效更是证明了《神农本草经》关于灵芝“久食轻身不老，延年神仙”的论述。

灵芝的“补中”、“益气”则涉及更广泛的作用，包括调节免疫功能、提高机体重要器官系统如心、肺、肝、肾等的功能。在此基础上总结出的灵芝“扶正固本”作用与稳态调节的关系指出，灵芝通过其神经-内分泌-免疫调节作用，维持机体内环境的稳定，提高机体适应内外环境变化的能力，保持健康。